初生成的多肽鏈不具備蛋白質的活性,需經加工、修飾后才能成為有活性的蛋白質：
1、甲酰甲硫氨酸切除翻譯過程以甲酰甲硫氨酰-tRNA作為起始物質，而天然蛋白質一般不以甲酰甲硫氨酸為N-端的第1位氨基酸，細胞內的氨基肽酶可將其切除。
2、肽段切除某些肽鏈合成后只是活性蛋白質的前體，需經水解去除部分肽段后才能轉變成有活性的蛋白質。如酶原激活、大分子多肽前體水解生成數種小分子活性肽等。
3、個別氨基酸的共價修飾如肽鏈中空間位置相近的兩個半胱氨酸之間氧化形成二硫鍵，膠原蛋白前體的脯氨酸和賴氨酸殘基的羥化，以及酪蛋白中某些氨基酸的磷酸化等。
4、亞基聚合和輔基的連接具有四級結構的蛋白質由兩條以上多肽鏈構成，這些多肽鏈作為該蛋白質的亞基，通過非共價聚合形成寡聚體。
結合蛋白質的肽鏈部分必須和輔基連接后才能形成完整的活性蛋白質。
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